Xử lý phế phụ phẩm thực phẩm là môn chuyên ngành đề cập đến bản chất và tính chất của phế phụ phẩm cho ra từ quá trình hoạt động sản xuất nông nghiệp và công nghiệp, đặc biệt là công nghiệp thực phẩm. Từ đó đưa ra hướng giải quyết làm giảm lượng chất thải, tận dụng nguồn phế phụ phẩm cho các quá trình sản xuất các sản phẩm hữu ích phục vụ đời sống con người, giảm nguy cơ ô nhiễm môi trường, tăng thêm thu nhập, hướng tới những quá trình sản xuất bền vững.